HSL on järjestäytynyt neljään osastoon ja lisäksi siihen kuuluu kolme suoraan toimitusjohtajan alaista yksikköä. Osastot ovat joukkoliikennesuunnittelu, liikennejärjestelmäsuunnittelu, matkustajapalvelut ja liikennepalvelut. Yksiköt ovat viestintä, talous sekä hallinto. HSL:n johtosääntö HSL:n hallintosääntö