Päätöksenteko
Yhtymäkokous
Ylintä päätösvaltaa HSL:n asioissa käyttää yhtymäkokous, johon jäsenkunnat valitsevat edustajansa Yhtymäkokouksia pidetään vähintään kaksi kertaa vuodessa. Yhtymäkokous päättää kuntayhtymän tilinpäätöksestä viimeistään toukokuun loppuun mennessä ja talousarviosta ja - suunnitelmasta viimeistään marraskuun lopussa.
Yhtymäkokouksessa jäsenkuntien äänivalta jakautuu peruspääomaosuuksien mukaan, mutta yhden kunnan ääniosuus on enintään 50 prosenttia. Vuonna 2009 Helsingillä oli 50 prosenttia ääniosuuksista, Espoolla 23,4, Vantaalla 19, Kirkkonummella 3,5, Keravalla 3,3 ja Kauniaisilla 0,8 prosenttia. Ääniosuudet tarkastetaan vuosittain.
Hallitus
HSL:n hallitus valvoo kuntayhtymän etua, järjestää sen hallinnon ja päättää toimintaperiaatteista. Lisäksi hallitus muun muassa päättää taksoista ja tariffeista, toimialueensa joukkoliikenteen palvelutarjonnan määrästä ja laadusta ja sekä hankittavasta liikenteestä ja liikennöintisopimuksista.
Yhtymäkokous valitsee HSL:n hallituksen puheenjohtajan, varapuheenjohtajan sekä jäsenet. Hallituksen toimikausi on kunnallisvaalikausi eli neljä vuotta, kuitenkin niin, että ensimmäinen toimikausi päättyy vuoden 2012 lopussa. HSL:n hallituksessa on 14 jäsentä eli puheenjohtaja, varapuheenjohtaja sekä 12 muuta jäsentä. Näillä kaikilla on henkilökohtainen varajäsen.
Hallituksen paikkajako määrytyy jäsenkuntien peruspääomaosuuksien mukaan. Helsingillä on hallituksessa vuosina 2009 - 2012 seitsemän jäsentä ja varajäsentä, Espoolla kolme jäsentä ja varajäsentä, Vantaalla kolme jäsentä ja kaksi varajäsentä, Keravalla ja Kirkkonummella yhteensä yksi jäsen ja varajäsen ja Kauniaisilla yksi varajäsen. Varajäsenellä on aina läsnäolo- ja puheoikeus kokouksissa, mikäli hän on edustamansa kunnan ainoa edustaja hallituksen kokouksissa.
Tarkastuslautakunta
Tarkastuslautakunnassa on yhtymäkokouksen valitsemat puheenjohtaja ja varapuheenjohtaja sekä kolme muuta jäsentä. Jokaisella jäsenellä on henkilökohtainen varajäsen. Lautakunnan tehtävistä on säädetty kuntalaissa ja määrätty hallintosäännössä.
Perussopimus