Beslutsfattande
Samkommunsstämma
Samkommunsstämman, till vilken medlemskommunerna utser sin representant, har den högsta beslutanderätten i HRT:s angelägenheter. Samkommunsstämmor hålls minst två gånger per år. Samkommunsstämman fattar beslut om samkommunens bokslut senast före slutet av maj månad och beslut om budget och ekonomiplanen senast före slutet av november månad.
I samkommunsstämman baseras medlemskommunernas rösträtt på grundkapitalandelen, men en kommuns röstandel kan vara högst 50 procent. År 2012 har Helsingfors 50 procent av rösterna, Esbo 22,7, Vanda 18,3, Kyrkslätt 3,4, Kervo 3,1, Grankulla 0,8 och Sibbo 1,7 procent.
Styrelse
HRT:s styrelse bevakar samkommunens intressen, ordnar dess administration och beslutar om verksamhetsprinciperna. Styrelsen fattar dessutom beslut om bl.a. taxor och tariffer, kollektivtrafikens serviceutbuds mängd och kvalitet på verksamhetsområdet samt om upphandling av trafik och trafikeringsavtal.
Samkommunsstämman utser HRT:s styrelses ordförande, vice ordförande och medlemmar. Styrelsens verksamhetsperiod motsvarar en kommunalvalsperiod, d.v.s. 4 år, emellertid så att den första verksamhetsperioden avslutas före slutet av år 2012. HRT:s styrelse utgörs av 14 medlemmar, d.v.s. ordförande, vice ordförande och 12 övriga medlemmar. Alla dessa har en personlig suppleant.
Fördelningen av platserna i styrelsen avgörs på basis av grundkapitalandelarna. Helsingfors har år 2009–2012 sju medlemmar och suppleanter, Esbo har tre medlemmar och suppleanter, Vanda tre medlemmar och två suppleanter, Kervo och Kyrkslätt har tillsammans en medlem och en suppleant och Grankulla har en suppleant. Sibbo har utsett sakkunnigrepresentanter till styrelsen för år 2012.
Suppleanten har alltid närvaro- och yttranderätt på mötena, om han är den enda företrädaren för kommunen han representerar på styrelsemötena. Även sakkunnigrepresentanten har närvaro- och yttranderätt vid styrelsens sammanträden.
Revisionsnämnd
Revisionsnämndens medlemmar utses av samkommunsstämman och består av en ordförande, en vice ordförande och tre andra medlemmar. Varje medlem har en personlig suppleant. I kommunallagen finns bestämmelser om nämndens uppgifter, som även fastställs i förvaltningsstadgan.
Grundavtal